Le centre hospitalier a été créé en 1824 par l'Ordre hospitalier des Frères de Saint Jean de Dieu sur le domaine dit de Champagneux, à partir d'une grande batisse appelée Château.

L'établissement s'est progressivement agrandi pendant un siècle, en extension du bâtiment d'origine. Les différents bâtiments étant reliés par une série de cloîtres. Il a hébergé jusqu'à 1 300 malades en dortoirs.

Pendant de nombreuses années, le centre hospitalier a assuré la mission d'hôpital psychiatrique pour la population hommes du département de la Loire.

1971 : rattachement à Saint Jean de Dieu d'une partie des secteurs du département du Rhône.

1977 : l'hôpital Saint Jean de Dieu est admis à participer au service public hospitalier, en application de la loi de réforme hospitalière du 31 décembre 1970.

1978 : capacité de 1 232 lits. Début de la politique de déchronicisation. Création du premier hôpital de jour sectorisé à Vénissieux.

1980 : départ des frères de Saint Jean de Dieu. La gestion de l'établissement est confiée à l'Associaton du Rhône pour l'Hygiène Mentale (ARHM).

1984 : abandon du dernier secteur du département de la Loire et redécoupage des secteurs de psychiatrie du Rhône : 6 secteurs de psychiatrie adultes et 2 secteurs de psychiatrie infanto-juvénile sont rattachés à Saint Jean de Dieu

1995 : premier projet d'établissement (1995 - 2000)

2004 : première certification par la Haute Autorité de Santé.

2008 : intégration du secteur de psychiatrie infanto-juvénile 69i09.

2009 : rattachement du Centre ATIS au CH Saint Jean de Dieu