1495 – 1550 : né au Portugal, Joao CIUDADE ou Jean CIDADE exerce différents métiers. En 1538, prédicateur, il découvre, au cours d’un accès délirant, les conditions cruelles de l'hospitalisation et du traitement des malades mentaux en ce 16ème siècle. Une fois rétabli, il s'engage, suite à cette expérience douloureuse, dans une vocation religieuse hospitalière.
En 1539, "Jean de Dieu" en religion, crée à Grenade le premier établissement psychiatrique de la congrégation des Frères Hospitaliers, promue Ordre hospitalier en 1586.
Le premier établissement est ouvert en France en 1602, à Paris, suivi de nombreux autres.
A la révolution française, l'Ordre de Saint Jean de Dieu est dissout et les biens sont confisqués. Il faudra attendre 1819 pour que l’Ordre hospitalier soit rétabli en France par Paul de Magallon.
En 1980, l'Ordre de Saint Jean de Dieu se retire, le patrimoine de l'établissement devient propriété du Département du Rhône et la gestion est confiée à l’ARHM.
Au cours des années 1980, le Centre hospitalier Saint Jean de Dieu poursuit la désinstitutionnalisation et le développement de la sectorisation psychiatrique en exerçant les missions de service public de psychiatrie de secteur dans le sud du département du Rhône. 6 secteurs de psychiatrie générale et 2 secteurs de psychiatrie infanto-juvénile sont rattachés à l’hôpital Saint Jean de Dieu en 1984. La mixité des unités d'hospitalisation est généralisée, la capacité de lits temps plein est réduite alors que des places d'hospitalisation de jour sont ouvertes et que des dispositifs d'accueil et de soin extra-muros et services de réadaptation-réinsertion sont créés.
A dater des années 1990, une réorganisation continue des dispositifs de soins est mise en œuvre pour conjuguer qualité des soins, optimisation des moyens alloués et innovation.
Aujourd’hui, l’hôpital Saint Jean de Dieu regroupe un ensemble de dispositifs répartis entre le site historique route de Vienne, qui assure toujours une fonction d’hospitalisation, et les structures de soins ambulatoires déployées sur l’ensemble du territoire géographique référé à l’hôpital, permettant un soin de proximité.